契约理论
Hart(1991)从代理理论的道德风险和逆向选择导致契约方冲突的观点开始着手批判，他指出，按照这个观点，由于信息不对称的引入导致所有权与签订完全的(comprehensive)契约无关，因为它使得Arrow-Debreu状态依存契约产生偏离，契约随之成为次优状态，进而无效率将成为信息不对称函数的因素，这种函数关系取代了所有权，因此在一个交易成本巨大且契约不完全的世界中，代理理论显然不能提供一个关于企业所有权概念的合理解释。
Hart(1995)再一次对完全契约理论提出批评，认为完全契约理论由于把所有的签约成本都归结于观察可变量的成本，若该变量可被双方观察到，即可无成本地纳入契约之中。因为存在努力水平这种只能被一方观察到的变量，最优契约不是最佳的，但是完全契约理论在最大程度上明确规定未来所有状态下各方的责任，在这个意义上契约是完全的，结果将来各方不需要对契约修正或重新协商，如果要修改或重新协商就应该已经被预期到并已纳入最初的契约之中。换句话说，给定一个在均衡路径中重新协商的契约，都存在一个无需重新协商的等价契约。这与现实是不相符的，在现实中契约是不完全的，并且无时不在修改或重新协商之中。Tirole(1999)指出，委托人在完全契约条件下可能面临着一定的福利损失（相比较不完全契约条件）。
Hart(1995)也对交易成本理论提出了批评。交易成本理论认为争论问题与套牢行为在单个企业内将会减少，但是缺乏对此种情况赖以发生的确切的机制解释。假定代理者会自动地减少机会主义行为也难以理解，因为机会主义在企业内部并不总是减少的，否则的话，在一家大型企业内进行所有经济活动必定是最优的。交易成本理论目前没有对合并企业内争论与套牢行为会减少的机制给出一个清晰的解释。交易成本理论对完全契约理论与不完全契约
Williamson(1988)指出：交易成本理论与代理理论的根本区别在于代理理论弄丢了的机会主义与有限理性，结果导致在代理理论中交易成本成为“无水之源”，因而产生了所谓的代理成本。更主要的是，因为代理理论迷失了有限理性，使得完全契约缺乏逻辑上以及实证上的支持。
有意思的是，交易成本理论的学者经常将不完全契约理论称之为产权学派，以示与之的区别。Williamson(2002)对不完全契约理论提出了质疑。质疑之一，不完全契约理论是否建立在交易成本基础上，质疑之二，交易成本理论是否如Hart(1995)批评的那样：“若两家企业合并成一家企业，成本如何变化？在这一点上交易成本理论似乎变得更加模糊了”。Williamson认为，不完全契约理论建立在交易成本基础上只是部分正确，它在支付的共有知识以及讨价还价的无成本假设方面存在着较大的问题，其次，交易成本理论一直在努力实证企业与市场的区别，产生了许多不可驳倒的结论以及许多实证的成功故事，相反Hart等不完全契约学者仍然停留在用案例阐述那些不可驳倒的结论，遗憾的是结论太少且缺乏实证检验的支持。
Brousseau和Fares也否认了不完全契约理论是模型化了的新制度经济学（交易成本理论）的观点，他们认为不完全契约理论中契约不完全性的原因来自于特定的有限理性，即只有仲裁人是有限理性的，而交易成本理论中契约的不完全性则根源于在不同经济体系下的每个人的有限理性。Milgrom和Roberts(1987)认为，如果无费用的短期契约存在，那么长期契约的不完全性就不应该成为无效率的原因，因为市场交易费用归根结底不是由契约的不完全性造成的，而是由短期契约的费用造成的（包括议价费用与影响费用）。
Masten和Saussier(2002)认为代理理论（含完全契约理论与不完全契约理论）与交易成本理论在契约期、契约设计、契约过程与垂直一体化等三个方面存在重大差异，并批评了代理理论在这三方面的不足：
完全契约理论由于假定契约是完全的，因此它考虑了所有的或然性，也就是说根本不需要事后修正，结合其法庭验证无成本的假定，导致完全契约理论将契约期概念剔除出其理论框架；不完全契约由于风险分担以及激励安排使得不完全契约认定契约期正相关于不确定性的程度、努力的程度以及支付的信息完整性，而交易成本理论认为，签订契约的预期收益将增加专用性投资的价值，因此增加契约签订的可能性以及契约期的长度。
完全契约理论由于不能区分契约与其他组织形式，因此无法从中获知在一体化和契约的选择；不完全契约理论发展了专用性投资理论并解释了企业的存在，进而能从中获知一体化与契约的选择，但是一体化与契约在不完全契约理论中并不是可以相互替代的选择，不完全契约理论仅仅是在思考契约的双方或多方谁应该拥有专用性资产。在交易成本理论中，实证研究的结果表明，当专有性投资增加时，总存在着一体化替代契约的偏好；此外不确定性和复杂性也降低了契约（相对于一体化）的吸引力。
应该强调的是，上述不同的分支理论之间的争论都是建立在建设性的基础上，绝不能相互割裂，否则只能陷入为批评而批评的局面，典型的如刘元春(2001)关于对契约理论批评的评论。[2]
Maskin和Tirole(1999)提出了不相关定理，其内容实质是发现了在不完全契约条件下也可以设计出完全契约，使得完全契约与不完全契约的对立开始趋于缓和。与此同时Laffont和Martimore(2002)指出激励理论框架的第一部分以委托代理理论模型为基础分析了三种类型的激励问题：逆向选择、道德风险以及不可验证性，第三部分是研究在不完全契约的动态框架下，引入完备贝叶斯均衡分析不完全契约下的资源配置问题。
正如前文指出的那样，契约理论的三个分支分别解释了契约的不同领域，不存在孰优孰劣的问题，更不存在谁代替谁的问题。契约理论的研究人员在比较不同的分支时十分注意这个问题，如Williamson(1991)指出虽然不同的契约分支之间存在明显的不同，但可以将之看做是相互补充的。再如Brousseau和Fares(2000)在比较交易成本理论于不完全契约时，特别指出，“我们应该表明这两种理论之间的相容性和不相容性，并不说明它们之间存在优劣。”Tirole(1999)在比较分析完全契约理论和不完全契约理论时，也强调完全契约理论虽不能解释权威和产权，但不能说不完全契约理论就代替了完全契约理论，因为完全契约理论在解释控制权的分配以及共同决策过程等方面具有很强的解释力。
正因为如此，契约理论三个分支的研究学者开始结合不同的契约理论来研究具体的经济实践活动，如Holmsrtom和Milgrom(1994)在探讨企业的内部治理时，就结合运用了激励理论、不完全契约理论和交易成本理论来解释现实现象。在统一契约理论方面，Williamson做出了重要的贡献。Williamson(1991)提出了统一这些新的契约研究方法的设想，并设想会产生一个统一的企业、市场和混合组织形式的组织理论（但有待时间证明）。
Williamson(2002)又将完全契约理论、不完全契约理论以及交易成本理论划入私人秩序(privateordering)的稍小一点的范围内，完全契约理论（机制设计理论）和不完全契约理论主要讨论前端激励安排问题，而交易成本理论主要研究契约的实施问题（后端问题）。
公司治理的问题最早由Berle和Means(1932)提出：由于所有权高度分散，以至于这些公司的管理者并不真正对公司的股东负责，这些管理者实际上已成为公司的实际控制者。Jensen和Meckling(1976)用委托代理理论对Berle和Means问题重新展开了分析，发现了所有者与管理者在目标不一致情况下存在的代理冲突，如管理者的在职消费等。陆续有学者验证了Jensen和Meckling(1976)结论的正确性，即外部股权的增加与基于管理者的代理成本成正比关系，如Ang,Cole和Lin(2000)发现了外部股权比例与代理成本成正比关系（相对于内部人管理企业）；Shleifer和Vishny(1997)、LaPorta等人(1998)发现美国以外国家与发展中国家的股权是集中的，并且在形成控股股东后，所有者与管理者出现重合化趋势，公司治理最主要冲突已由所有者与管理者之间的代理冲突演化为所有者之间，即控股股东与外部中小股东之间的代理冲突。控股股东主要利用契约的不完全性，通过将一部分公司资源转移到己方手中对契约的其他方进行剥削。Muller和Warneryd(1999)指出，若企业内契约不完全，管理者会花费企业资源去扩大其在剩余分配中的比例，从而导致企业出现福利损失，而外部股权不但扩大这一损失，形成代理问题，甚至还会形成其他的代理冲突。